MPA教育的管理机构由MPA教育指导委员会与MPA教育中心组成。MPA教育指导委员会由校领导、相关职能部门领导、人文与管理学院院长组成，主要负责MPA教育的长远规划和宏观决策。MPA教育中心主任由校党委副书记朱洪波担任；副主任由人文与管理学院院长陈瑶和研究生院副院长朱星担任。目前，MPA教育中心设有办公室、实训中心、案例中心、教学秘书科、图书资料室，各科室均配备相应专职工作人员。
针对MPA教育中心工作内容制定有相应工作规则和规章制度，及各类岗位职责和管理办法。各科室日常活动有完整的工作日志和会议记录。
